молекула делится на атомы, Атом состоит из ядра и электронов, а ядро-из протонов и нейтронов, Почему нельзя сказать, что вещества состоят из протонов, электронов и нейтронов?

Да потому что каждое мельчайшее вещество называется неделимым, но это не так, недавно меньше атома частиц не было, сейчас с развитием техники вывели частицы меньше атома в несколько раз! Наука не поспевает за техникой.