Когда пишется буква И, не после приставок, а в словах.

И так же когда пишется буква А и буква Е, не могу найти правила к ним ...

Корни с чередованием И-Е

В корнях бер-бир, блест-блист, дер-дир, жег-жиг, мер-мир, пер-пир, стел-стил, тер-тир, чет-чит пишется И, если за корнем следует суффикс А (иск.: сочетать, сочетание), если нету, то пишем Е

Например: запирать, замирать, собирать; беру, запереть, стереть.

Корни с чередованием А

В корне гар-гор под ударением пишется А (искл.: пригарать, выгарки)

В корне зар-зор в безударном положении пишется А (искл.: зоревать, зорянка)

В корне раст-рос в безударном положении буква А пишется только перед ст и щ (искл.: росток, ростовщик, Ростислав, Ростов, но отрасль)

В корне скак в безударном положении буква А пишется перед к (искл.: скачок, скачу, скачи)

В корне плав-плов всегда пишется буква А (искл.: пловец, пловчиха, плывуны)

В корне мак А пишется при значении слова "погружать в жидкость" (макать печенье в молоко)

В корне равн А пишется со значением "равный, одинаковый, наравне" (уравнение, сравняться)

В корнях кас и лаг пишется А, если за корнем следует суффикс а

А вообще очень много правил, например: и -после ц в коре, е - после шипящих в корне слова, правописание суффиксов -е к, -и к, -е ц, -и ц и т. п.