Исправить речевую ошибку. Недостатком диссертационного исследования является недостаточно глубокая разработка некоторых важных вопросов.

Недостатком и недостаточно - одно из этих слов нужно заменить синонимом. вместо "недостатком" можно сказать недочетом, не доработкой, минусом и т. п. или вместо "недостаточно глубокая" поверхностная, неглубокая, недостаточная и т. п.