Почему многие люди полагали что во время эпидемии правильнее всего заниматься покаянием

Потому что люди считали пришла эпидемия и покорит их за грехи. И поэтому они каялись в церкви.

Из-за своей неграмотности люди не могли объяснить причину и природу многих явлений происходящих вокруг, в т. ч. эпидемий. Всё "плохое", что могло произойти, воспринималось как "кара небесная", расплата за грехи. Вот они и каялись в своих грехах в надежде, что грехи будут отпущены.