Можно ли поезд длиной 120 м считать материальной точкой при определении его времени движения через мост длиной 300 м? а при определении времени движения из Алматы в Астану?

Материальной точкой можно считать любой объект, если размеры его много меньше расстояния, рассматриваемого в задаче. Или, если более строго:

L/S << 1.

Поэтому при движении через мост поезд нельзя считать материальной точкой, а при движении из города в город - безусловно можно.