Почему при ударе деревянным бруском по стеклянной бутылке она остаётся целой. но если её наполнить водой и закрыть пропкой а потом ударить по пробке с той же силой то бутылка разобьётся

Можно взять бутылку, вынести на улицу и сильно ударить крепкой палкой - точно разобьётся.

Возможно, автор вопроса считает, что пустая стеклянная бутылка слишком лёгкая, поэтому малоинерционная а с водой инерция возрастает, поэтому бутылка с водой при ударе движется медленнее, поэтому деформация стекла больше.

Пустую бутылку без проблем можно разбить, бросив её в дерево. С точки зрения физики, это аналогично удару деревом по бутылке

Может потому что на бутылку с водой действует давление молекул воды и разбить бутылку будет легче, так как на нее будут давить с двух сторон