Как правильно?

Когда я первый раз зашел на проект, я не понимал что делать (ставить запятую или нет?)

Верно: Когда я первый раз зашел на проект, я не понимал, что делать.

Схема: (когда - =), [ - = ], (что =).

Таким образом, здесь сложноподчиненное предложение с параллельным соподчинением придаточных частей (обстоятельственной / когда я первый раз зашел на проект / и изъяснительной (что делать)).

Да ставить, так как у тебя союз когда)