Почему некоторые историки называют период другой половины 17 века словом" потоп"

Потому что все воевали против всех, а если более серьёзно то боролись две партии - монархическая и республиканская. Но не в современном смысле. Сторонники самодержавия боролись с теми кто хотел олигархическую боярскую республику. - главенство собора (то есть Законодательного собрания). Увы победили монархисты. Россия упустила свой исторический шанс. Кстати " республиканцы" позднее пытались взять реванш - ставя на царевича Алексея который обещал собор (за что Петр 1 его и прибил в тюрьме) и ещё позднее выдвинув кондиции - условия при короновании Анны Иоановны.