Почему Москва и Санкт-Петербург стали городами федерального подчинения и субъектами Федерации

Это огромные мегаполисы с развитой инфраструктурой, промышленностью, культурой и т. д., поэтому они вполне способны иметь особую форму организации местного самоуправления (муниципальные округа) и потому быть самостоятельным субъектом РФ.