Два одинаковых ящика заполнены дробью: в одном крупная, в другом мелкая. Какой из них имеет большую массу?

Одинаково. Если ровным слоем раскатать крупную и мелкую дробь, то всегда можно найти такие расстояния, что глядя с них будет казаться что они одинаковые.

У крупой дроби больше свободного места, но и занятого много.

А у мелкой мало свободного места, но и занятого мало. Так на так и сойдется.