Бывает ли когда-нибудь бутылка действительно пустой, если из нее не выкачивать воздух?

Если не выкачивать воздух - нет, потому что, скажем, при нормальных условиях в бутылке в каждом ее кубическом сантиметре объема находятся в сумме примерно 20 квинтиллионов молекул различных газов, которые составляют воздух.