объясните причину (причины) различий в генетической структуре популяций одного вида.

Популяции - это более мелкие группы, живущие на одной территории длительное время, в то время как вид - группа гораздо больше. Один вид какого-либо животного может иметь множество популяций, обитающих на разных территориях с разными условиями, соответственно и естественному отбору будут подвергаться разные признаки, важные для выживания, которые в последствии будут закрепляться в генотипе и передаваться следующим поколениям. Отсюда и различия.