Укажите, в чём состоит наиболее существенное отличие современной (естественной) классификации организмов от всех предыдущих

Наиболее существенным отличием можно выделить научную обоснованность.

Веками ранее были приведены некоторые классификации организмов, например

Лестница существ Аристотеля. Животных разделил на животных "с кровью" и "без крови". В наше же время они именуются позвоночными и беспозвоночными.

Стоит отметить, что раньше многие исследования основывались на теологии, метафизике, креационизме, а сейчас исследования опираются на научные методы, труды предыдущих поколений и пр.