Каким образом и где происходит расшипление белков?

в лизосомах до образования аминокислот с участием ферментов

Процесс расщепления белков осуществляется различными ферментами, каждый из которых действует на пептидные связи, граничащие с определенными боковыми цепями аминокислот. Эти ферменты синтезируются клетками. У простейших организмов (состоящих из одной клетки) синтез ферментов и пищеварение происходят в пределах этой же клетки. У многоклеточных животных синтез ферментов осуществляется внутри клеток, а пищеварение происходит в особой пищеварительной системе.