Объясните почему мутация не всегда приводит к изменению фенотипа и гибели особи.

Могут быть точечные мутации, при которых изменится один нуклеотид, но совсем не изменится или почти не изменится кодируемый белок. (т. е. мутация произошла, но вообще ничего с точки зрения организма не изменилось).

Могут быть нейтральные мутации ... например цвет глаз изменится (или даже у потомков просто цвет глаз другой будет), это же не смертельно.

Вообще бывают адаптивные мутации, которые не то что не мешают выжить, а наоборот помогают (примеров этого очень много Дарвин привёл)