Какие факторы оказывают влияние на появление различий между особями в пределах вида?

Экологическая и географическая изоляция.

Географическая - разделение популяций территориально, например, если изменяются условия ареала или происходит переселение популяций за пределы ареала, например, горный массив, река и т. д.

Экологический - несовпадение времени размножения.