Children ... the window before she ...

a) had broken / had come

b) had broken/came

с объяснением

Children had broken the window before she came.

Сначала используем время Past Perfect для выражения результата в прошлом нам помогает слово-маячок before, затем используем Past Simple для обозначения действия в прошлом, во второй части предложения Past Perfect будет некорректным, поэтому используем Past Simple.

Children had broken the window before she came.

Сначала используется время Past Perfect, затем Past Simple.